在存在上述冲突的情况下，次债务人主张的抵销权是否成立?或是说，质押权人主张的质权是否优先于次债务人主张的抵销权?针对这个问题，理论存在着两个截然不同的答案。
有观点认为，应收账款质押权是一种担保物权，而次债务人对质押人享有的债权仅是普通债权。根据《物权法》第170条确定的担保物权优先受偿原则，应收账款质押权具有当然的优先性，因此优先于次债务人的普通债权受偿。简而言之，在此等冲突情形之下，次债务人无权行使抵销权。
另有观点认为，考虑到1.次债务人乃是主动行使抵销权，而非被动受偿，因此不能等同于“普通债权的受偿”;2.应收账款质押权虽为物权，但其依附于应收账款的存在。根据《担保法》第73条，质权因质物消灭而消灭。一旦次债务人主动行使抵销权，应收账款即不复存在，应收账款质押权也归于消灭;3.基于前文所述的债的相对性原则以及物权法定原则，次债务人行使抵销权没有任何法律障碍，那么，在此等冲突的情况之下，应当允许次债务人行使抵销权。
理论上的分歧同样于实践中存在。法院针对这种冲突情形依据不同的观点作出了某些截然相反的裁判。在《中国民生银行股份有限公司徐州分行与安徽省皖煤运销有限责任公司、江苏省苏润能源集团有限公司等金融借款合同纠纷》中，江苏省徐州市中级人民法院认为：次债务人据以主张抵销的债权属于普通债权，而质押权人对上述应收账款享有优先受偿权。在本案债务未获清偿或质押权人未同意的情况下，次债务人无权以抵销的方式优先实现其对质押人的普通债权，即其在本案借款本息数额范围内的抵销对质权人无效。因此，质押权人对作为质押物的应收账款在本案借款本息数额内享有优先受偿权，且次债务人作为该应收账款的债务人负有协助义务，即在本案借款本息数额内直接向质押权人支付上述应收账款以清偿质押人的本案债务。
而在《中国农业银行股份有限公司上海市分行与上海金源国际经贸发展有限公司等应收账款质权纠纷上诉案》中，浙江省高级人民法院认为：根据本案各方当事人的关系，出质人和次债务人之间的互负债务是一种直接的债权债务关系，而质押权人与次债务人之间并没有直接的债权债务关系。而且，质押权人能否实现质权取决于出质人提供的应收账款是否真实存在。因此，次债务人对出质人所负的债务可以与出质人对次债务人的债务相互抵销。
因此，我们需要意识到应收账款质押是有其局限性的。一旦次债务人被认定可以行使抵销权，作为质押物的应收账款就归于消灭，而应收账款质押权也相应地消灭。此时，质押权人只能依据《物权法》第216条(因不能归责于质权人的事由可能使质押财产毁损或者价值明显减少，足以危害质权人权利的，质权人有权要求出质人提供相应的担保;出质人不提供的，质权人可以拍卖、变卖质押财产，并与出质人通过协议将拍卖、变卖所得的价款提前清偿债务或者提存)要求质押人增加相应的担保。
质押权人应该在实务操作上采取预防措施以防范该等风险。这可以从以下几个方面尝试：1. 在签署质押合同前，质押权人应当对质押人与次债务人的债权债务情况进行调查;2. 在质押合同中订立条款，要求质押人协助、促成或负责取得次债务人对质押人无任何债权或虽有债权但承诺不行使抵销权，若因行使抵销权致质押财产损失将承担赔偿责任或违约责任的确认书或承诺函(这里引入赔偿责任或违约责任是因为抵销权系属法定权，不可以简单地放弃行使)。
4. 支行、分行可以作为质押权人在系统登记吗?
首先应该明确的是，商业银行在各地的分行、支行属于其分支机构，不具备法人资格。但是其分行、支行能够独立对外签署合同，独立承担民事责任，而且根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》的解释》第52条，其也能够作为民事诉讼的当事人。在相关法律法规没有明确禁止的前提下，笔者认为商业银行的分行、支行可以作为质押权人在中征登上办理应收账款质押登记。这一观点也被实践所证明。在以下两个案例中，我们可以看到，商业银行的分行、支行的确是可以在中征登上作为质押权人办理应收账款质押登记。
(1) 《上海浦东发展银行股份有限公司丽水支行等与浙江凯泰机械制造有限公司等金融借款合同纠纷上诉案》：2013年10月18日，双方向中国人民银行征信中心办理了应收账款质押登记;
(2) 《中国农业银行股份有限公司上海市分行与上海金源国际经贸发展有限公司等应收账款质权纠纷上诉案》：2009年10月9日，原告与被告金源公司签订权利质押合同一份，约定金源公司以权利质押清单所列合同项下对某某集团、浙江佳宝某某有限公司、浙江佳宝高仿某某有限公司所享有的购销合同项下应收账款(共计人民币366086898元)权利作为对前述债权的质押担保，并依法办理了应收账款质押登记。
5. 应收账款质押权的实现
根据《物权法》第219条：债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现质权的情形，质权人可以与出质人协议以质押财产折价，也可以就拍卖、变卖质押财产所得的价款优先受偿。质押财产折价或者变卖的，应当参照市场价格。应收账款质押权属于权利质权的一种，其实现同样适用于以上条款。
此外，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》第一百零六条 质权人向出质人、出质债权的债务人行使质权时，出质人、出质债权的债务人拒绝的，质权人可以起诉出质人和出质债权的债务人，也可以单独起诉出质债权的债务人。因此，应收账款质押权实现时，质押权人可以要求次债务人对其承担清偿责任。这一点也被法院所采纳，如浙江省绍兴市中级人民法院在《中国农业银行股份有限公司某某分行诉上海金源某某有限公司等应收账款质权纠纷案》中明确支持了这一观点;又如在《中国民生银行股份有限公司徐州分行与安徽省皖煤运销有限责任公司、江苏省苏润能源集团有限公司等金融借款合同纠纷》中，江苏省徐州市中级人民法院判决：质押人应当在判决生效之日起10日内履行还款义务，若质押人未按期履行还款义务，质押权人有权就应收账款优先受偿。次债务人于判决生效之日起20日内在应收账款范围内向质押权人履行上述还款义务。
6. 办理应收账款质押的具体流程
根据《应收账款质押登记办法》(中国人民银行令(〔2007〕第4号)，中国人民银行征信中心(以下简称征信中心)是应收账款质押的登记机构。征信中心建立应收账款质押登记公示系统(以下简称登记公示系统)，办理应收账款质押登记，并为社会公众提供查询服务。
中国人民银行征信中心目前开设了中征动产融资统一登记平台(www.zhongdengwang.com)用于办理应收账款质押登记。
根据《应收账款质押登记办法》，应收账款质押登记由质权人或质权人委托的人办理。质权人办理应收账款质押登记的基本流程为：
A. 注册为登记平台的常用户。
《应收账款质押登记办法》第十条就应收账款质押登记内容规定到：“出质人或质权人为个人的，应填写有效身份证件号码、有效身份证件载明的地址等信息。”从这条表述不难看出，《登记办法》是允许个人作为质权人在登记系统上进行应收账款质押登记的。
登记平台将其用户分为两类，一类为常用户，一类为普通用户。普通用户仅可以在登记平台上进行查询操作，而常用户既可以查询也可以登记。目前登记平台只允许机构注册为常用户。因此，实践操作上，个人作为质权人是无法在登记平台上进行应收账款质押登记的。
机构注册常用户的流程是：首先，登陆www.zhongdengwang.com点击中征动产融资统一登记平台，点击用户注册，选择常用户注册，填写基本信息并提交;届时，机构可以设置一个管理员账户及密码。