在上市公司的并购重组过程中，商誉是很重要的概念。商誉的属性有些玄妙，具有不可辨认性。计量上也比较特别，是靠其他项目倒挤。在非同一控制下企业合并中，商誉是合并成本与可辨认净资产公允价值的份额之差。商誉还有很多特殊的地方，比如每年年末必须进行减值测试等。并购中形成的巨额商誉，一旦减值往往带来巨额的资产减值损失，严重影响公司业绩。
讨论商誉，首先解决商誉如何计量。根据会计准则，非同一控制下企业合并，商誉等于合并成本与可辨认公允价值的份额之差。虽然是会计准则的规定，但商誉等于多少要问评估师，是评估师根据企业会计准则和《以财务报告为目的的评估指南(试行)》经过评估程序最终确定的。在并购中，合并对价和可辨认公允价值两个数值都出自评估报告。先说合并成本，虽然评估师在价格决定上并不一定起决定作用，但是合并对价一定是在被收购企业的评估值上下浮动。再说公允价值的确定。根据《以财务报告为目的的评估指南(试行)》，确定可辨认净资产公允价值是评估师的职责。那么，以收益法、市场法等企业整体价值评估作为对价，日后合并报表如何对单项资产定价入账?合并对价分摊(PPA)就是将评估总价分摊的过程。PPA是通过识别所收购企业的各项资产和负债(包括未在被收购企业资产负债表上反映的资产和负债)，评估各项资产和负债的公允价值，将收购企业的收购价格根据合并中取得的被购买方可辨认资产(包括各类可辨认无形资产)、负债及或有负债的公允价值进行分配，其分配差额为商誉(通俗讲，也就是说分配不掉的统统归为商誉)。
实务中，被收购的企业价值评估，要求使用两种评估方法。目前多数采用资产基础法和收益法(少数采用市场法)，然后选取一种更合理的作为最终的评估结果。资产基础法评估的过程就是将企业的各项资产、负债以及或有负债评估到公允，最终的评估值通过PPA分摊也非常明确，能够找到明确对应的资产负债。采用收益法作为评估依据作价的，将PPA分摊的过程同样是资产基础法评估的过程。分摊不掉的，也就是资产基础法评估里面找不到对应项的，就是商誉。(市场法同理)。
公允价值的计量，涉及会计、审计和评估。在并购实际操作中，被并购企业除了评估值还有审计值，一般习惯上将评估值较审计值多出的部分，称为评估增加值。常常有人认为评估增加值就是商誉，这是一种误解。评估增加值包含有能够分摊到单项资产的部分和不能够分摊到资产负债的部分。只有不能够分摊掉的部分才是商誉。能够分摊到单项资产的，单项资产的评估增加值加上审计账面值，作为该项资产的公允价值，是未来合并报表的入账价值。容易出现单项资产评估大幅增值的一般是无形资产(特别是未入账无形资产)、土地、房屋建筑物等非流动资产。从这个角度看，商誉又等于合并成本减去被并购企业的审计值，再减去各项资产的评估增加值。只有在资产评估增加值不大的时候，可以近似认为商誉等于合并对价(评估结果)减去审计值。
以下通过两个案例加以说明：
1被收购企业以流动性资产为主的情况下，评估增值可以忽略，可辨认净资产的公允价值等于被收购企业经审计的净资产的账面值
实务中，被收购企业的资产，如果没有单项资产的公允价值较账面价值出现大幅评估增值的情况下，直接以经审计的被收购企业的净资产的账面价值代替可辨认净资产的公允价值。
案例：蓝色光标上市前的收购(来源：蓝色光标招股说明书)
合并成本：购买日为2008 年4 月30 日，收购对价1,800 万元，均以货币资金支付，收购过程中发生的评估、审计及律师等服务费用共计359,105元，购买日合并成本计算为18,359,105 元。(注：应当指出的是，根据财政部发布的企业会计准则第20号--企业合并：第八条 合并方为进行企业合并发生的各项直接相关费用，包括为进行企业合并而支付的审计费用、评估费用、法律服务费用等，应当于发生时计入当期损益。本例中，将这些费用计入了合并成本，企业也有动力将这些费用计入合并成本而不影响当期损益。就蓝色光标的例子看起来，实务执行中，计入合并成本貌似并未深究。)
评估值：按照未来收益折现法进行了评估，评估值为35,758,500 元。被合并单位拥有的资产90%以上为流动资产，评估值作为公司首次购买被合并方51%股权收购对价的确定依据。(评估作价为35,758,500 元乘以51%为18,236,835元。
审计账面值：审计后的资产总额为9,410,249.92 元，主要为货币资金等流动资产;负债总额为5,535,870.71 元，主要为应付账款等流动负债，所有者权益为3,874,379.21 元。公司主要为流动资产和流动负债，因此这些资产、负债的公允价值的确定与其账面价值一致。被收购公司2008 年4月30 日的可辨认净资产公允价值依据账面价值确定为3,874,379.21 元。
商誉：购买日取得的可辨认净资产公允价值为1,975,933.40 元，购买日合并报表确认商誉16,383,171.60 元。(购买日合并成本减去购买日取得的可辨认净资产公允价值)
2出现土地、房屋建筑物、固定资产、未入账无形资产等评估大幅增值的情况下，可辨认净资产公允价值等于各单项资产评估增值加上净资产经审计账面值
案例：旋极信息收购西安西谷
旋极信息聘请中天华对西安西谷于购买日的各项资产和负债进行评估，确认西安西谷于购买日各项可辨认净资产的公允价值，具体是以西安西谷截至2014年12 月31 日经审定后的账面净资产为基础，中天华对西安西谷的100%股权进行评估，可辨认净资产评估值为98,751,697.61 元， 净资产公允价值和账面价值的差异主要为固定资产和无形资产的增值。
上市公司编制的备考合并财务报告中购买西安西谷 100%的股权新增商誉447,248,302.39 元，具体计算如下：
本次交易定价以收益法评估值为基础，经交易双方协议确定交易价格为54,600.00 万元。截至评估基准日2014 年12 月31 日，西安西谷账面净值产6,175.64万元，资产基础法下净资产评估值为9,875.18 万元，收益法下净资产评估值为54,613.24 万元，较资产基础法下净资产评估增值高出44,738.06 万元。该差额体现西安西谷在细分市场拥有的行业经验、销售网络、客户资源、业务资质以及专业服务等资源的价值，上述资源价值或无法从西安西谷整体价值中分离或划分出来，或评估机构在资产基础法评估结果中未对上述无形资产进行单独评估作价，形成本次交易的商誉。