1.企业所得税
根据59号文的规定，ST集琦向国海证券股东定向增发的方式吸收合并国海证券，由于国海证券的流通股股东和非流通股东均未行使现金选择权，因此，该吸收合并的支付对价完全为股权支付，符合特殊重组，国海证券股东无需缴纳企业所得税，同时根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）的规定，国海证券无需进行清算。
在此需要提示的是，根据59号文和四号公告中的相关规定，ST集琦及其股东，国海证券及其股东，均应向主管税务机关备案，并提供以下资料：
（1）当事方企业合并的总体情况说明。情况说明中应包括企业合并的商业目的；
（2）企业合并的政府主管部门的批准文件；
（3）企业合并各方当事人的股权关系说明；
（4）被合并企业的净资产、各单项资产和负债及其账面价值和计税基础等相关资料；
（5）证明重组符合特殊性税务处理条件的资料，包括合并前企业各股东取得股权支付比例情况、以及12个月内不改变资产原来的实质性经营活动、原主要股东不转让所取得股权的承诺书等；
（6）工商部门核准相关企业股权变更事项证明材料；
（7）主管税务机关要求提供的其他资料证明。
在上述企业所得税的涉税分析中，笔者将步骤2和步骤3独立进行。59号文第十条规定，企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。该条款被称为多步骤交易规则，分步交易规则意味着当公司资产重组之前和之后的不同交易都是达成重组计划所不可缺少的步骤和行为，那么这些相关交易被视为一项重组交易的统一步骤。由于借壳上市的诸多环节均为不可分割的连续过程，因此，也可以考虑将步骤2和步骤3作为一项交易进行税务处理，即ST集琦吸收合并国海证券，并获得现金1.28亿元，支付对价的形式为，向国海证券股东索美和索科公司支付其全部资产和负债，向国海证券其他股东支付定向增发的股票。此时，股权支付的比例约为90%（3.72*5.017亿/20.69亿），可以享受特殊重组税收优惠。但由于该交易中涉及现金约1.28亿，该现金是作为支付对价的减项还是需要单独确认为转让资产所得，现有税法规定并不明确，因此尚需与税务机关协商。四号公告第十六条规定，如企业重组各方需要税务机关对特殊重组进行确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。因此，该案例可以由ST集琦向其主管税务机关提出申请，对该系列重组是否可以作为一个步骤进行特殊性税务处理进行确认。
2.印花税
根据《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）的规定，改制中的产权转移书据免交印花税。该吸收合并协议无需贴花。
3.契税
根据《关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）中的相关规定，两个或两个以上的企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，且原投资主体存续的，对其合并后的企业承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。因此，ST承受国海证券的房屋、土地，无需缴纳契税。
另外，需要提示的是，《关于公布全文失效废止、部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2011年第2号）已经废止了《国家税务总局关于非货币性资产评估增值暂不征收个人所得税的批复》（国税函[2005]319号），即非货币性资产投资的暂免个人所得税的政策已经作废。因此，如果拟借壳公司有个人股东，壳公司采取定向增发的方式支付对价，则该壳公司股权的评估增值将可能被税务机关以财产转让所得征收个人所得税。
随着我国资本市场的不断成熟，借壳上市的交易模式变得越来越复杂，由原来传统的收购控股权和资产置换分开进行，发展到现在占主流的获得控股权及资产注入合二为一的换股吸收合并模式，其交易结构的涉税筹划点也越来越多，笔者建议广大拟上市企业提前做好税务规划，以搭建重组各方利益最大化的重组框架。